Krupajsko vrelo je izvor Krupajske reke. Nalazi se u istočnoj Srbiji, u zapadnom podnožju planine Beljanice, u jugoistočnom delu Krepoljinsko krupajske kotline, između sela Milanovac i Krupaja, na udaljenosti od 35km od Žagubice.
Vrelo izbija na nadmorskoj visini od 235 metara i predstavlja jedno od najinteresnantnijih kraških vrela u Srbiji i obeležje homoljskog kraja. Ovo vrelo spada i među najjače i najveće kraške izvore u Srbiji.
Vrela je do 1946. godine izbijalo iz pećinskog otvora jakom snagom praćeno hukom, u vidu rečnog toka koji je počinjao sifonom. Tada je oko 10 metara nizvodno podignuta betonska brana koja je formirala jezero dužine 40 i širine 17 metara za potrebe valjarice i mlina koji i danas radi. Danas se vidi samo deo otvora pećine, a prvobitni izvor je potopljen.
Temperatura vode na izvoru se kreće od 9-11°C. U neposrednoj blizini vrela nalazi se jak termalni izvor sa temperaturom vode od 26.5°C. Istraživanjem ovog vrela do sada se došlo do dubine od 123 metara. Kao i sva kraška vrela, i Krupajsko vrelo se odlikuje velikim promenama u količini vode koju daje tokom jedne godine. Kod zgrade mlina, nalazi se betonska česma sa pet metalnih cevi, na kojima ističe topla voda iz termalnog izvora koji je kaptiran.
Spomenik prirode Krupajsko vrelo stavljen je pod zaštitu države kao jedan od najjačih kraških izvora u Srbiji, koji po morfologiji izvorišta i hidrološkim funkcijama spada u grupu najreprezentativnijih vodnih objekata. Jezersko vrelo, vodopad na brani i slapovita vrelska otoka daju neposrednoj okolini vrela živopisan i atraktivan izgled.